Bien qu'ayant réussi à ramener tous les suffrages, la série fut finalement très controversée après son dénouement (il en cause des problèmes cet épisode 26). La réaction des spectateurs japonais démontra que les "anime-fans" ne pouvaient posséder un monopole d'opinion sur une oeuvre capable de plaire à un public plus large. En effet, la majorité des critiques virulentes suscitées par le final inattendu de la série vinrent d'anime-fans et de professionnels de l'animation. Le public quant à lui préféra plébisciter Evangelion. Difficile de cerner le problème sans opérer un retour en arrière, à la genèse même de la japanimation telle que nous la connaissons actuellement. Lors de l'anime boom des années quatre-vingt, l'apparition des OVAs délimita un nouveau mode de consommation de l'anime, en ciblant directement le public des fans et en élaborant des oeuvres adaptées à leurs goûts exclusifs. Résultat: le grand public finit par se désintéresser du phénomène, qu'il considère comme réservé aux marginaux. Comme le sous-entend ANNO lors d'une entrevue dans le New Type de juin 1996, le "Plan de Complémentarité de l'Homme" aurait été en fait un "Plan de Complémentarité du monde de la japanim'": la Nerv face au commandement de l'ONU serait la transposition de Gainax (un groupe d'amateurs face à l'hégémonie des "professionnels"). Aujourd'hui, Evangelion réussit l'exploit de réunir à nouveau tout les publics, et provoque le même enthousiasme qu'à l'époque de la diffusion de Uchû Senkan Yamato et Kidô Senshi Gundam. Véritable baffe généralisé (Animage titrait dans son numéro d'avril: "Le choc d'Evangelion serait-il le "Third Impact" du monde de l'animation ?"), Evangelion remet en question le commerce des anime à la chaîne (les cas Dragon Ball et Sailor Moon) et représente la "nouvelle vague" en matière d'anime. Les années 1995/96 seront donc, contre toute attente, à marquer d'une pierre blanche dans l'histoire de l'Animation Nippone.